Обжалование решений по камеральным и выездным проверкам регулируют статьи 101.2–101.4 НК РФ, а порядок рассмотрения жалобы в вышестоящем налоговом органе определяют главы 19–20 НК РФ. Пункт 2 статьи 138 НК РФ требует, чтобы перед обращением в суд решение обжаловали в вышестоящем налоговом органе. Если решение вынесла сама Федеральная налоговая служба, его оспаривают в суде.
Согласно пункту 6 статьи 108 НК РФ, лицо считается невиновным в совершении налогового правонарушения, пока его вина не доказана в установленном порядке. Доказывать вину должен налоговый орган, а налогоплательщик не обязан представлять доказательства собственной невиновности.
После камеральной или выездной проверки инспекция принимает решение о привлечении к ответственности либо об отказе в привлечении. Решение об отказе тоже можно оспорить через апелляционную жалобу, пока оно не вступило в силу. Если ненормативный акт налогового органа уже вступил в силу, его оспаривают жалобой, как и действия или бездействие этого органа. Жалобу направляют вышестоящему налоговому органу, но подают её через ту инспекцию, которая вынесла оспариваемое решение.
В суде налогоплательщик вправе ссылаться на ошибки в расчётах, нарушения процедуры и недопустимые доказательства. Доначисление налога, начисление пеней и штраф — отдельные составляющие решения. Даже если доначисление признано законным, штраф могут снизить или отменить по самостоятельным основаниям: из-за смягчающих обстоятельств, истечения срока давности или процессуальных нарушений. По оценке «Ветров и партнёры», в практике 2024–2026 годов последовательная работа с доказательствами и соблюдение процессуальных сроков помогали налогоплательщикам добиваться отмены или существенного снижения доначислений в значительной части дел.
